Tri dana pred Novu godinu 1943. Goran odlazi u partizane iz Zagreba zajedno s Vladimirom Nazorom. Četvrtu ofanzivu prošao je uglavnom u I dalmatinskoj brigadi, a u Petu ofenzivu ulazi s V crnogorskom brigadi kojoj je komandant bio Sava Kovačević. Peta ofanziva je bila naročito mučna. Kroz nju je Goran Kovačić prolazio teško, oslabljen i svojom ranijom plućnom bolesti. Kada je dr Simo Milošević bio ranjen i bio tako prisiljen da ostane, ostao je s njim i Goran, jer mu je bio prijatelj i jer je bio već iscrpljen teškim marševima. Koncem lipnja i početkom srpnja 1943 Goran se nalazio u istočnobosanskom selu Vrbici kod Foče, skrivajući se od četnika koji su klali partizanske ranjenike sa Sutjeske. 13. srpnja četnici su ga pronašli i ubili.

Moše Pijade već 1944. o tom piše:

Mladi hrvatski pjesnik, koji je u pjesmi “Jama” tako snažno oformio najžešći u ovom ratu ispjevani protest protiv ustaških pokolja nad Srbima, bio je ubijen od „srpskih osvetnika“, četničkih izroda, tih švapskih i ustaških saveznika. Prerezali su grlo, koje je tako iskreno i snažno grmjelo iz bratske hrvatske duše protiv ustaških zločina nad srpskom nejači. Nikad poštenije i čovječnije djelo pjesnika nije bilo grđe kažnjeno i nikad čelo ubice nije bilo ukaljno sramnijim zločinom. Čitajući Goranovu „Jamu“ pokoljenjima i pokoljenjima srpske omladine stezat će se srca nad zločinima, koji su izazvali takav krik pjesnika, ali isto tako i nad zločinom, koji je tome divnom galebu prerezao grkljan.

Gorana je ubio komandir “leteće čete” Borislav Boro Blagojević. Blagojević je poslje rata emigrirao, ali je ostao aktivan u četničkoj emigraciji kao predsjednik organizacije “Draža Mihailović” za Belgiju i jedan od rukovoditelja organizacije “Ravna Gora” za Europu. On je ubijen 8. ožujka 1975. godine u Briselu, pod nerazjašnjenim okolnostima, najvjerovatnije zbog njegovih aktivnosti protiv Jugoslavije. Pisao je protiv Josipa Broza i bio uključen u terorističke akcije protiv jugoslavenskih diplomatskih predstavništava.

Bora Blagojević, u jednom trenutku javno je ponudio razmjenu podataka o grobnim mjestima: kosti Ivana Gorana Kovačića za kosti Draže Mihailovića. Do razmjene, naravno, nikada nije došlo. Grob Ivana Gorana Kovačića ostao je nepoznat, baš onako kako je bio poželio u pjesmi „Moj grob“

Moj grob

U planini mrkoj nek mi bude hum,

Nad njim urlik vuka, crnih grana šum,

Ljeti vječan vihor, zimi visok snijeg,

Mûku moje rake nedostupan bijeg.

Visoko nek stoji, ko oblak i tron,

Da ne dopre do njeg niskog tornja zvon,

Da ne dopre do njeg pokajnički glas,

Strah obraćenika, molitve za spas.

Neka šikne travom, uz trnovit grm,

Besput da je do njeg, neprobojan, strm.

Nitko da ne dođe, do prijatelj drag –

I kad se vrati, nek poravna trag.

(Antifašistički vjesnik)